考虑到周围已经不安全，两人前往方舟投奔甲的亲戚圣良

在方舟中，甲看到了与呼相似面貌的npc，这才记得呼原来是npc来的

虚拟网络里，甲与多年未见的亚季姐、菜叶重逢，

现实世界中，与市长有隙的议员发表言论时被人刺杀，甲追踪凶手，凶手是个杂修

回到现实的甲跑路途中意外遇到了千夏

方舟里，甲从身手判断基友是自警军的人，而基友也透露处所在组织有暗中找寻甲他们

甲等人从情报中推敲出市长可能有莫大关联，去俱乐部追踪线索，却出现了意想不到的角色——多米尼恩

还没多谈几句，就被红色机体打断，现场也出现多股势力，之后甲跑路途中又遇见了千夏

与多米尼恩相遇后，蕾的神色一直不自然，甲询问下，才知道蕾的母亲是被多米尼恩害死的

方舟里，甲看到空的房间，脑海里闪过与空相识的记忆，甲很诧异空的面貌与呼相似

而后呼的事情被空发现了，场面一度十分尴尬，但又在真劝说下和好

方舟内，甲遇到有点不寻常npc，就此事问了亚季姐呼存在的可能，她断然说否

另一方面，菜叶询问甲是否记住约定，明明是健忘，推说失忆不记得了

另另一方面，与千夏面见时，一个个仗着甲失忆，化为谜语人

于此同时，甲的处境越来越危险，蕾带他到了市中心——米特斯拜亚，原来蕾是户口在这

当夜，甲做起第一视角的某人的梦，但文字颜色已经透露出某人是谁

市中心内，蕾向甲述说母亲信教的经过，认为这一切都是由父亲造成

夜晚，基友告诉了甲，蕾一个人前往市长所在的事，

甲不信蕾会背叛，但担心蕾的处境前往虚拟网络内寻找，原来蕾想独自解决市长，但被杂修阻扰，甲虽然最后救出她，但被统合军的人捕获

在被囚禁之中，甲又做起了蕾的梦，与空成为朋友与便当的事

甲与统合军上层——蕾的父亲谈话后，保释离开了统合军

恰巧遇到了多米尼恩攻击市中心，为了帮基友和保护难民，甲等人来到网络作战

作战之中受到神父蛊惑，逐渐失了智，这时谜之npc又出现了，提醒了甲，他也由此记起呼和空的关系，恢复了清醒

因市长被多米尼恩抢走，甲决定继续追踪

昏迷的甲又做起了蕾的梦，便当2.0的事

甲醒来后，继续追踪多米尼恩，在神父鬼畜笑容提示下，甲想起空早已化成灰了

npc又提醒了甲，出现与空死亡相悖的记忆

甲战斗至力竭最终被多米尼恩捕获，听到神父谈起电子幽灵之事，之后遇到救出了蕾

两人在多米尼恩处查出了编译者又被制作出来，构造体即将爆炸之际，出现了奇点暂停了时间，蕾借此袒露出心事，空因为自己缘故才会去研究所

这里穿插了一段蕾本想送甲的项链被碰瓷成不得不送甲的项链和甲本不想送空的项链被碰瓷成想送空的项链

杂修怼掉神父后，拿到编译者以此做出威胁，甲打算用潜脑解决掉携带编译者的人

离开时，再次出现了奇点，谜之npc也告诉了甲她的身份，他也诧异的看到代理人身上带着蕾送他送空的项链

回到现实的甲，脚部受创，只好让蕾代步，他想起圣诞节的事，不料蕾说出真相，当夜和甲在一起的是她，只不过甲和暴徒打架又输了且伤到脑子，才会误认为空

由于蕾做了手脚，医生只好过来救他们，离开了清城市

代理人又出现提醒了甲一句，甲也想起了小时候与菜叶做出的约定

在俱乐部探寻线索时，甲又遇到了千夏

追踪至神父时，由于久利原直树的名字，甲取回一段记忆，直树的老师原来是菜叶的父母，但直树与菜叶间似乎另有隐情

回到现实后，甲吃惊地看到菜叶也在清城市中

千夏也想过来虚拟的如月寮中，却因与菜叶意见不合不欢而散，临走时警示甲方舟有可能隐瞒真相，然而刚走，方舟就出现了病毒攻击，甲为此来到方舟深处

穿插着一段久利原直树与反ai人士的争执与他对编译者执着的缘故

清城市开始不安全，甲想带网管菜叶离开时，想不到菜叶和久利原直树是有联系，话音未落，统合军的千夏已袭击过来，却被出现的久利原直树制服

在多米尼恩据点，久利原直树解释当年是因炸弹警告才撤离研究所，而这些年躲藏只为完成编译者来自证清白，而甲对此半信半疑

穿插着菜叶考试失败离家出走与甲发现她父母因研究恐袭双亡与找到她的记忆

编译者完成后，蕾在甲父亲的魔狼佣兵帮助下追踪到了甲，甲继续作战想使用核爆炸掉编译者

这时奇点与代理人都出现了，代理人告诉甲滞于战斗的话，菜叶可能遭遇不测，

甲听从代理人指示，带着菜叶离开了据点

穿插着久利原直树把编译者的反制措施刻印在甲脑内芯片里

菜叶因身体不适诊断过后，体内藏有编译者

甲带她到学院废墟处，躲避敌人与避免造成危害，但在上车前遇到蕾劝阻

前往学校途中，被父亲说服的甲与魔狼合作，找到菜叶时她已被编译者感染了

甲听从计划，一方面方舟对编译者进行改写，另一方面甲来守护菜叶，防止被潜脑

甲打倒过来袭击的千夏后，久利原直树也出现了，此时他也不演了，编译者泄漏的罪魁祸首，

作战过后，久利原直树提醒了甲一旦他挂了，编译者就会开始复制，但提醒来得太迟，甲和菜叶被融入到编译者中

但不知何故，编译者转化为无害的纳米花，而甲与菜叶也因此重生

由于还没下一部行动，甲打算前往方舟，他想起小时候与亚季姐相遇的情形

方舟内，魔狼的委托者原来是甲的姨母，

俱乐部调查时，神父透露出多米尼恩与方舟一体两面，同为十九博士的继承者

就此事，甲询问了圣良，她确实是十九博士的弟子，但绝不会重蹈覆辙

甲与千夏相遇时，帮助她击退了统合军内的倾轧

千夏来到方舟内，却在暗中调查关于电子幽灵的事件，并企图释放病毒，离开时问了甲对方舟计划了解程度

而亚季姐对代理人的出现感到不可思议，前往方舟深处调查，而幻化而出ai阐述了圣诞之夜是受到未知存在影响，而这一切源头是久利原直树

穿插着一段主角团们过去无名都市作死 调查亚季姐时被杂修抓到 千夏被呼保护的记忆

由于魔狼被查水表，甲只能暂且来到网吧，这时千夏领着统合军出现，却被过来的久利原直树打倒

甲护送受伤千夏时，有人企图潜脑千夏，甲保护完她后，看出千夏整个人义体化，而甲也被统合军的人抓到

统合军内，审问甲的长官赫然是学生时代遇到的大叔，因与久利原直树有过节缘故，与空藉此相识

看在蕾的份上，甲暂时保释，住在蕾的母亲家中，同行中还有千夏，她透露出长官计划，想将ai归于人类管理

甲与千夏互衷心事

学生时代记忆，千夏因受伤被正式队员除名，也从空处了解到她的压力

由于市中心被攻击，甲为了帮基友与长官忙，潜入到网络中，并相助父亲来到巴德尔系统面前

而基友和千夏被多米尼恩抓走了，甲虽然成功救出他们，但基友明显失了智，最后还因此掉了性命

甲担心千夏的情况，最终拒绝了蕾，留在统合军内

与此同时，长官开始洗脑甲，并拿出方舟与市长有联系的证据

甲与千夏开始无聊的约会，立了个巨大的flag

学生时代记忆，千夏因腿伤面临退学，但仍旧等待甲做出选择

甲设置核爆没能炸掉编译者，神父以此做出要挟，而且对地卫星武器受到ai干扰，长官打算对方舟使用ai镇定剂，甲因此相助长官

甲护送着镇定剂，对过去战友们挥起了武器，但镇定剂却失控了

继续追踪的甲遇到了代理人与亚季姐，在她们劝说下，转投了方舟

甲继续战斗，发现镇定剂的驾驶者竟然是千夏

甲与亚季姐最终破坏了镇定剂，闪过了几段关于千夏的回忆

最终击败了长官，代理人也透露出空还活着

回到现实后，圣良决定执行方舟计划通过对地卫星武器来消灭编译者

数年以后，千夏克隆出身体，甲也变成了萝莉控

感到吃惊的甲询问了圣良关于呼的事，圣良回答了甲并委托他追寻被盗窃呼的数据

同样疑惑的亚季姐也跟随了过去，甲不经意间想起两人小时候进同一所学校的约定

甲追踪数据，最后却是由多米尼恩的巫女送还，但亚季姐却入了神父之手

成功救出了亚季姐，他们在代理人和千夏帮助下离开了此处

父亲向甲说明他的母亲的电子体当年被多米尼恩挟持，最后也因此身亡

圣良调查后，多米尼恩的人通过呼来传输数据给不存在的空，以此来验证是否有死亡的世界

甲与菜叶前往现实探望亚季姐，她告诉了甲千夏要来方舟内

千夏与众人不欢而散，亚季姐想挽留她时，反而被刺了一句，与此同时千夏释放病毒调查方舟，亚季姐最终放了她走

亚季姐来到方舟深处内，最终确认代理人就是呼，而自己间接导致久利原直树变得不正常

穿插着亚季姐的记忆，久利原直树研究受阻，提出要利用巴德尔系统

做完任务回来的甲被告知亚季姐被绑架了，救出来时无意得知她是被造子

回到现实后，方舟已被统合军包围了，父亲向甲说明电子幽灵的事

甲来到如月寮中，将呼的数据给了亚季姐，她说出了模仿体原来有两个

多米尼恩开始袭击市中心，父亲不放心巴德尔系统前往调查，这时甲才明白自己母亲曾研究过巴德尔系统

回来后，亚季姐向甲坦言，认为自己让久利原直树接触巴德尔系统负有责任，甲不以为意

这时，甲等人查出了菜叶体内有编译者，巧合的是方舟社长此时也挂了

甲回到如月寮中，代理人让甲了解到另一个模仿体是谁

父亲认为方舟事有蹊跷，探查时发现圣良变为电子幽灵，圣良决定要实施方舟计划，但亚季姐提议用奇点来改写编译者

圣良与甲说起奇点与曾收到疑似未来的信息，最后谈到亚季姐被造子的事，暧昧表示若是亚季姐是她与父亲的dna合成的，甲会如何看待亚季姐，他不以为意，只要是姐就行

这时蕾带来个消息，亚季姐的dna是源于他的母亲，甲这下不能不以为意了，

大战在即，甲还是来到亚季姐身旁

甲打完敌人后，亚季姐计划用逻辑炸弹停止巴德尔系统，而在这时，多米尼恩的人也出现甲在面前，并阐明唯有甲的母亲dna才能发挥连接者

似乎来不及时，亚季姐却安然无恙，原来她的dna不只有母亲一个人

最后决战，神父真实身份原来是精分的久利原直树

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随着追寻真相的深入，环境愈发危险，甲决定单干，但还是被蕾找上门来

情报贩子临死时告诉甲要找多米尼恩的巫女，甲在俱乐部找到被挟持的巫女，她的身份赫然是真

真由于无法回到现实，被神父洗脑得差不多了，最后还是回到神父身边

甲将受伤的千夏带到了如月寮中

真也暗中潜入宿舍中，甲发觉她的记忆也相当暧昧，而且笃信这个世界是虚幻的

千夏与真潜入到方舟深处，甲与真作战时看到了她的一些幻觉

千夏要求甲交出真，真不愿束手就缚来到悬崖边上，告诉甲认为自己在现实中已死去，最后还是由代理人救了他俩

甲继续询问真，她的记忆依然很含糊，而后神父过来抢走市长，真也随之离去

圣良介绍十九博士，而巴德尔系统也是他制作的，而医生也是由十九博士克隆出来的

甲等人追踪市长，市长道出了真能使用连接者，而市长被植入了编译者，挂掉后编译者开始复制

亚季姐虽然改写了编译者50%，但也只能让编译者停止复制，唯有等待下一次奇点的机会

奇点未出现时，甲寻隙攻略找到了真

长官看奇点迟迟未现，放手一搏，最终失败但也透露出真的实体在哪

真回到实体后，被杂修利用变成了连接者

在救援真的过程中，看到真潜在内心伤痕，只因自己的恶作剧导致空的死亡

在意识泯灭之时，甲听到关键词，而使编译者成功改写

甲与代理人合力，成功救出了真

回到现实的甲惊讶看到城市宛若一片废墟

连接网络后，甲查出时间点跳到三年后，而且学校的ai没被破坏

困惑的甲来到校园与如月寮处，这里虽没被破坏但也荒废许久

夜晚，甲查看空的笔记时，发觉有些不同于自己记忆的地方，还未来得思考，就有网络病毒来袭，这才明白自己仍处于网络中

之后虽然有听到蕾的声音，但仍旧没有踪迹

继续调查的甲虽有看到千夏等人的幻影，却一无所得

即将抓狂之际，甲听到呼的声音，来到方舟圣良幻影的面前

甲依据事件的调查，成功找到了蕾，但蕾却说出了甲早已死去，而存活的空则成为佣兵

由于网络受限，甲也只能放弃猜测，依次找了菜叶等人

亚季姐根据录像推断处圣良正准备实施方舟计划，但之后结果无人知晓

闲逛时，甲遇到了萝莉医生，她道出了来龙去脉，由于实施方舟计划后，电子幽灵相互融合导致逐渐消失，

根据线索，甲找到了空，她却冷漠说出了这个世界的甲已死去，最后，甲发现十九与空的共生关系

为了解空的状况，甲自愿与神父尸体连接，却查出意外的状况，此时的甲和呼一样是个模仿体

甲继续去找空，他推断出自己身份相当于代理人，

众人调查状况，现实已过去一万多年

在呼的提示下，甲认定自己就是甲，决心救出空

空最终被甲打动，却被杂修的炸弹炸灰了，而失去控制的十九再次启动连接者

为让甲到达连接者处，队友们拼命去送，但即此如此还是被控制的空击败

但ai避免被十九侵吞，重新复活了甲与呼，而甲存活时间只有奇点出现的时间内

甲再次找到了空，她却害怕自己感情是否源于ai，而在ai解答下，终于释然

接下来聚团打倒了十九，然而十九与空联系过深，导致她也会消失

而呼决定与空相融，来保存被污染数据，奇点结束后，三人就此消失

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